Bandera y desde su comienzo arrastró consigo un sino maldito; primero fue una capilla situada en el mismo centro de esa misma manzana edificada por los jesuitas para su Colegio en 1593 pero fue reemplaza por un segundo edificio que fue concluido en 1631, y era el mejor de los templos de Chile, todo de cal y canto, adornado de elegantes y costosos artesonados. En su techo y próximo al presbiterio, tenia una gran cúpula por donde penetraba la luz. Este templo fue arrasado por el terremoto del año 1647 inmediatamente se comenzó a reedificar en el mismo sitio la tercera iglesia en cuya obra se empleó cerca de cuarenta años. Se le había hecho una inmensa torre en el frontispicio, adornada con un magnífico reloj que hoy se encuentra en la torre de Santa Ana.
Este nuevo templo fue arruinado por el terremoto del 8 de julio de 1730, pero se procedió muy pronto a su reparación. A consecuencia de ello se reforzaron los arcos de las naves laterales con murallas trasversales a las que se dejó un pequeño arco, más como pasadizo que como adorno; de aquí resultó una serie de estrechas y oscuras capillas en los dos costados. Expulsados los jesuitas en 1767, la iglesia quedó casi abandonada hasta los primeros años del presente siglo, en que se hizo su capellán el clérigo D. Manuel Vicuña, después obispo de Santiago. Este la rehabilitó para el servicio del culto, hasta que fue devorada por el incendio del 31 de mayo de 1841 que la redujo a escombros, quedando sólo en pié sus sólidas murallas. Se la reedificó por medio de una suscrición popular en pocas semanas produjo una ingente suma, y los clérigos hicieron de ella su templo orito. Pero el destino ensañado con esta construcción le preparaba el peor de sus ataques que no estaba dirigido únicamente a ella sino tambien a sus fieles.
Es así como en el año 1863, el día 8 de diciembre fecha en que se celebra una de las fiestas más importantes de la iglesia. Como es de suponerse el templo se encuentra abarrotado por gran cantidad de feligreses que acuden a la eucaristia; finalizando la tarde el altar se encontraba engalanado con todo aquello que caracteriza estas celebraciones y que añaden un toque magnificencia a dichos lugares el santuario estaba iluminado por miles de lámparas de hidrógeno, parafina y aceites y adornado con cortinajes, globos de colores, cintas y flores de papel. Cerca de las 18:45, una de estas lámparas habría fallado cerca del Altar Mayor, comenzó un foco de fuego y las llamas se apoderaron de un retablo de madera y un lienzo al fondo, subiendo desde allí a la cúpula. Una estampida de personas corrió frenética hacia las puertas de las cuales las laterales se hallaban cerradas, ellas se abrían hacia el interior pero la muchedumbre presionaba desesperada hacia el exterior, mientras le llovían vigas y tablas ardientes sobre la cabeza.
Cerca de las 20:00 horas, la torre con el reloj se desplomó. En poco más de una hora, la iglesia quedó completamente en ruinas y el retiro de los 1.500 a 2.500 cadáveres tardó cerca de diez días. El número de víctimas fue abrumador para una ciudad que tenía aproximadamente 100.000 habitantes. Debido a la imposibilidad de reconocer a los fallecidos sólo se reconocieron siete de ellos, según los textos que tratan sobre este hecho las víctimas debieron ser sepultadas en una fosa común de 25 m², frente al Cementerio General.
Los muros de la Iglesia que soportaron las llamas fueron demolidos acabando así con 270 años de trágedias asociadas a un sitio que se suponia fuera de recogimiento y encuentro con Dios pero que finalmente sólo llevo a sus desafortunados asistentes a vivir un infierno en la tierra, en su lugar se plantó un jardín con un monumento en recuerdo de las víctimas. Posteriormente, el monumento fue trasladado al Cementerio General de Santiago
A raiz de este insuceso se creó el cuerpo de bomberos de Santiago, un esfuerzo del pueblo para intentar que esta clase de hechos no se repitieran.